湖南医药工业研究所前身为北京医药工业研究院，1969年因战备疏散而迁至湖南邵阳，更名为湖南医药工业研究所。1982年调整重组后迁至长沙，下设药物合成室、中药研究室、生物技术室、药物制剂室、药物分析室、药理研究室、图书情报室、实验动物中心和医院制剂研究中心。

所内拥有先进齐全的科研仪器设备，包括高效液相色谱仪、制备液相、气相色谱仪、紫外分光光度计、薄层扫描仪、全自动生化分析仪、大型旋转薄膜蒸发仪等大型精密仪器及大批中小型实验仪器设备，并拥有全套合成中试生产线；图书情报室收藏各种医药专业书籍万余册，包括全套美国化学文摘在内的国内外医药科技期刊200余种和在建的电子阅览室。